Esa fue la intención original del juego, era un juego cargado de signos de la cultura gay, Luigi y Mario eran pareja gay tratando de enfrentar los retos de una sociedad que los rechaza, reveló Miyamoto, ante la insistencia de la prensa al pedirle opinión por un estudio que sugería que los chicos en la actualidad percibían a los personajes como una pareja.
Antes de la revelación oficial, algunos investigadores como James Gardner de la Universidad de Wisconsin sostenían que diversos elementos de Súper Mario Bros eran claras referencias a la sub-cultura gay.
En el juego los amantes luchan constantemente, castillo tras castillo, para al final aprender que la identidad gay va más allá de una simulación de lo femenino. También existen distintos elementos fálicos en el juego: para poder terminar cada nivel, Mario y Luigi se tienen que deslizar por un asta; para pasar de un lugar a otro deben saltar o ingresar en tubos; y para ganar vidas o beneficios deben saltar sobre hongos que poseen similitudes con el glande masculino.
Otros investigadores como James Paul Gee, consideran que el hecho de que ambos personajes sean plomeros es una clara alegoría a la homosexualidad ya que su ocupación principal es revisar tuberías. Otros análisis revelaron que el enemigo por antonomasia de la pareja, Koopa, es una versión de la masculinidad exagerada, el monstruo del machismo.
